La Autoridad Marítima de Panamá, entidad autónoma del Estado panameño, fue establecida mediante el Decreto Ley N°7 de 10 de febrero de 1998, que unificó las competencias marítimas que hasta esa fecha poseían la Autoridad Portuaria Nacional, la Dirección General Consular y de Naves, del Ministerio de Hacienda y Tesoro; la Dirección General de Recursos Marinos, del Ministerio de Comercio e Industrias, y la Escuela Náutica de Panamá, del Ministerio de Educación.
La Autoridad Marítima de Panamá es dirigida por un Administrador nombrado por el Presidente de la República de Panamá y ratificado por la Asamblea Legislativa, y quien ejerce su representación legal.